据报道,肇事客机是编号MH132的A330空中巴士,当日凌晨2时23分在奥克兰起飞,8分钟后机师发现客机较正常航道偏南,似是飞向墨尔本,于是询问奥克兰空管人员,之后调整航道飞往吉隆坡。新西兰空管机构Airways事后透露,机师及空管中心收到的飞行计划有别,两者目的地同样是吉隆坡,只是航道及预定离开新西兰领空的地点有所不同,经协调后已解决问题。Airways称会与马航合作,调查出现混乱的原因。
新西兰航空评论员克拉克指出,由新西兰起飞往北方目的地的客机,有时会为避开逆风或恶劣天气而绕经澳大利亚南部。他猜测该机师之前可能未试过较原定航线偏南太多,故询问空管人员详情。他赞扬这名机师机警,没有盲目跟随所定航线。
新西兰气象机构WeatherWatch首席分析师邓肯则称,事发当日新西兰与吉隆坡之间地区的天气状况良好,但澳大利亚北部与巴布亚新几内亚之间有暴风雨,或因此影响航线。